Создан летом 1993 года общественной организацией «Фонд Музея оккупации» в помещении бывшего Музея латышских стрелков, посвящен истории господства тоталитарных режимов в Латвии.

Постоянная экспозиция музея состоит из трех основных разделов: период первой советской оккупации (1940-1941), немецкой национал-социалистической оккупации (1941-1944/45), второй советской оккупации (1944/45-1991), в заключительной части выставки отражен процесс восстановления национальной независимости Латвии (1985-1991). В экспозиции представлены исторические документы, фотографии и предметы, свидетельствующие о терроре оккупационных властей против жителей Латвии и об участниках сопротивления. В отдельном зале воспроизведен внутренний вид лагерного барака. Комментарии к экспозиции представлены на латышском, английском, немецком, французском и русском языках.

Созданы передвижные выставки (на нескольких языках): «Латвия в 1939-1991: от оккупации к свободе» экспонируется в школах и музеях Латвии; «Латвия возвращается в Европу» выставляется в Европе, Австралии, Канаде; «Латвия возвращается в свободный мир» экспонируется в США.

Кроме постоянной экспозиции в музее демонстрируются временные выставки, представляющие новейшие материалы коллекции.

В фондах музея собрано около 30 000 документов и фотографий, письменных, устных и материальных свидетельств, отражающих историю Латвии с 1940 по 1991 год, и памятные вещи из мест заключения и спецпоселения. В фонде видео- и фотодокументов имеются записи более 600 свидетельств. Информация о фондах введена в базу данных и доступна исследователям и всем заинтересованным лицам.

Сотрудники музея проводят исследования по истории оккупационного периода, осуществляется программа устной истории - запись видео- и аудиоинтервью со свидетелями тоталитарных режимов. Выходит ежегодный научный альманах «Ежегодник Музея оккупации Латвии». Музей проводит занятия со школьниками, исторические конкурсы для детей, семинары для учителей истории, издает учебные материалы для преподавания истории Латвии новейшего периода. Также музей собирает материалы по истории памятных мест Латвии.