Историю свою музей ведёт с образования Клуба Юных Лётчиков им. Ф.А.Цандера, основанного Постановлением Секретариата ЦК ВЛКСМ и Коллегии Министерства гражданской авиации СССР от 5 мая 1965 года №6-46-5. Организационные трудности легли тогда на плечи молодого авиаиженера, Талпа Виктора Петровича, работавшего в Латвийском управлении гражданской авиации.

КЮЛ являлся профориентирующей организацией на базе ЛаУГА. Курсанты клуба с восьмого класса изучали введения в теоретические авиационные дисциплины, знакомились с работой различных служб аэропорта, проходили производственную практику в аэропорту, прыгали с парашютом, получали физическую и строевую подготовку, с курсантами также проводились занятия на комплексных тренажёрах самолётов АН-2У, ТУ-134, ТУ-154. Выпускникам клуба выдавалось свидетельство установленного образца и согласно приказа Министра гражданской авиации СССР №550 от 5.09.1969 присваивалась квалификация "моторист 2 разряда по эксплуатации с-та Ан-2".

Со временем у клуба появилась потребность не только в наглядных пособиях но и в собственных учебных самолётах для проведения занятий по различным дисциплинам. Министерство Обороны пошло навстречу пожеланиям руководства клуба и согласилоь передать клубу списанный МиГ-21УС, восстановленный курсантами. Так начинал создаваться фонд учебной базы клуба, впоследствии, благодаря укреплению связей с военными, количество клубной авиатехники значительно увеличилось и пополнилось достаточно редкими и уникальными образцами военных самолётов и вертолётов, были образованы филиалы клуба в г.Лиепая и в г. Вентспилс.

К 1991 году на учебном аэродроме клуба была сформирована хорошая материально-техническая база со вспомогательной автотехникой, продолжался выпуск младших авиаспециалистов для ГА и ВВС, при поступленни в ВУЗы и технические училища выпускникам КЮЛ предоставлялось преимущество, да и общий уровень их образования и подготовки был достаточно высок, так как курсанты зачислялись в клуб на конкурсной основе, проходя тем самым профессиональный отбор в авиационную отрасль.

После распада СССР финансирование прекратилось и возникли проблемы с местом размещения авиатехники. Руководство аэропорта "Рига" пошло навстречу музею и выделило место для техники на своей территории. С 1998 по 1999 происходило перебазирование техники и обустройство новой территории. Не обошлось, конечно, без повреждений техники, но удалось свести их к минимуму.

На сегодняшний день музей начал нормально функционировать и принимать посетителей. В английских и американских авиамузейных каталогах Рижский музей признаётся крупнейшим собранием советской военной авиатехники за пределами СНГ.